哈尔滨远东理工学院共有11个院系,包括机械与电气工程学院、材料科学与工程学院、建筑工程学院、土木工程学院、环境与资源学院、轻工食品学院、信息与控制工程学院、经济管理学院、化学与制药工程学院、外语学院和基础部。每个院系下设有多个专业方向,为学生提供多样化的学习与研究领域。