铁路退票扣除的手续费主要是用于覆盖铁路公司和代售点的运营成本。退票手续费的金额一般取决于购票金额的一定比例，通常在10%左右。这是因为铁路运输业务具有高成本和低利润的特点，而退票会导致额外的管理和运营成本。此外，通过收取手续费也可以一定程度上减少退票现象，保障铁路运输的正常运营和订单的稳定性。
