如果您的日本永久居留签证过期了且没有及时更新,您需要尽快联系日本移民局并申请延期或重新办理签证。在等待处理期间,您应避免离开日本以免出现违法情况。如果您错过了签证到期日期,可能会面临出境被拒绝入境的风险。因此,务必尽快处理签证问题,以确保您的合法居留身份。