三方协议扣款一般并不收取手续费,因为扣款是根据双方或多方之间达成的协议进行的,不存在银行或第三方机构进行中介服务而产生手续费的情况。当然,具体情况可能会因为不同的银行或合作方而有所不同,建议在签订协议之前仔细阅读合同条款,以确定是否存在任何相关的费用或费用方式。