农村自建房办房产证需要交的费用包括土地使用权出让金、登记费、产权证书费等。其中,土地使用权出让金是指建房者需要向国家支付的土地使用权费用;登记费是指登记房产权利过户时需要支付的费用;产权证书费用是指领取房产证所需支付的费用。总体来说,办理农村自建房产证的费用相对较低,主要集中在土地使用权出让金和一些行政手续费上。